Deux ans se sont écoulés depuis que Sam Witwicky a sauvé l'univers d'une bataille décisive entre les deux clans rivaux de robots extraterrestres. Malgré ses exploits, Sam reste un adolescent préoccupé par les soucis des jeunes gens de son âge : alors qu'il s'apprête à entrer à l'université, il doit se séparer de sa petite amie Mikaela et de ses parents pour la première fois de sa vie. Il lui faut...

La galaxie est en proie à la Guerre des Clones, un conflit à grande échelle qui oppose les maléfiques Séparatistes et leurs immenses armées d'androïdes à la République. Les Chevaliers Jedi, protecteurs de la République, luttent pour maintenir l'ordre et restaurer la paix tandis que de nouvelles planètes succombent chaque jour aux puissances du mal. Pour prendre l'avantage, le Chevalier Jedi...