Deux ans se sont écoulés depuis que Sam Witwicky a sauvé l'univers d'une bataille décisive entre les deux clans rivaux de robots extraterrestres. Malgré ses exploits, Sam reste un adolescent préoccupé par les soucis des jeunes gens de son âge : alors qu'il s'apprête à entrer à l'université, il doit se séparer de sa petite amie Mikaela et de ses parents pour la première fois de sa vie. Il lui faut...

Un événement mystérieux lié à notre passé éclate au grand jour. C’est la guerre qui menace aujourd’hui notre Terre ; une guerre d’une telle ampleur que l’aide des Transformers pourrait, cette fois, ne pas suffire à nous sauver.