L'agence crypto-zoologique Monarch doit faire face à une vague de monstres titanesques, comme Godzilla, Mothra, Rodan et surtout le redoutable roi Ghidorah à trois têtes. Un combat sans précédent entre ces créatures considérées jusque-là comme chimériques menace d'éclater. Alors qu'elles cherchent toutes à dominer la planète, l'avenir même de l'humanité est en jeu…

Comme tous les jours après son travail, Michael MacCauley (Liam Neeson) prend le train de banlieue qui le ramène chez lui. Mais aujourd’hui, son trajet quotidien va prendre une toute autre tournure. Après avoir reçu l’appel d’un mystérieux inconnu, il est forcé d’identifier un passager caché dans le train, avant le dernier arrêt. Alors qu’il se bat contre la montre pour résoudre cette énigme, il...