Les Men In Black ont toujours protégé la Terre de la vermine de l’univers. Dans cette nouvelle aventure, ils s’attaquent à la menace la plus importante qu’ils aient rencontrée à ce jour : une taupe au sein de l’organisation Men In Black.

À bord de la Station Spatiale Internationale, les six membres d’équipage font l’une des plus importantes découvertes de l’histoire de l’humanité : la toute première preuve d’une vie extraterrestre sur Mars. Alors qu’ils approfondissent leurs recherches, leurs expériences vont avoir des conséquences inattendues, et la forme de vie révélée va s’avérer bien plus intelligente que ce qu’ils pensaient…