Les membres d’équipage du vaisseau Covenant, à destination d’une planète située au fin fond de notre galaxie, découvrent ce qu’ils pensent être un paradis encore intouché. Il s’agit en fait d’un monde sombre et dangereux, cachant une menace terrible. Ils vont tout tenter pour s’échapper.

Quelques années après la Première Guerre mondiale en Australie. Tom Sherbourne, ancien combattant encore traumatisé par le conflit, vit en reclus avec sa femme Isabel, sur la petite île inhabitée de Janus Rock dont il est le gardien du phare. Mais leur bonheur se ternit peu à peu : Isabel ne peut avoir d’enfant… Un jour, un canot s’échoue sur le rivage avec à son bord le cadavre d’un homme et un...