Les Men In Black ont toujours protégé la Terre de la vermine de l’univers. Dans cette nouvelle aventure, ils s’attaquent à la menace la plus importante qu’ils aient rencontrée à ce jour : une taupe au sein de l’organisation Men In Black.

Comme tous les jours après son travail, Michael MacCauley (Liam Neeson) prend le train de banlieue qui le ramène chez lui. Mais aujourd’hui, son trajet quotidien va prendre une toute autre tournure. Après avoir reçu l’appel d’un mystérieux inconnu, il est forcé d’identifier un passager caché dans le train, avant le dernier arrêt. Alors qu’il se bat contre la montre pour résoudre cette énigme, il...

À Brooklyn, Jimmy Conlon, mafieux et tueur à gages qu'on surnommait autrefois le Fossoyeur, n'est pas au mieux de sa forme. Ami de longue date du caïd Shawn Maguire, Jimmy, qui a aujourd'hui 55 ans, est hanté par ses crimes – et traqué par un inspecteur de police qui, depuis 30 ans, n'a jamais renoncé à l'appréhender. Et ces derniers temps, il semble que le whisky soit le seul réconfort de Jimmy....