Un an après avoir surpassé le FBI et acquis l'admiration du grand public grâce à leurs tours exceptionnels, les 4 Cavaliers reviennent ! Pour leur retour sur le devant de la scène, ils vont dénoncer les méthodes peu orthodoxes d'un magnat de la technologie à la tête d'une vaste organisation criminelle. Ils ignorent que cet homme d'affaire, Walter Marbry (Daniel Radcliffe) a une longueur d'avance...

Après avoir été trahie et décimée par une organisation terroriste, l’équipe des GI Joe réalise que le gouvernement a été infiltré et que notre monde est au bord de la destruction. Sans alliés, sans renforts et sans personne à qui se fier, Roadblock et ses GI doivent identifier l’ennemi pour tenter de sauver notre civilisation. Ils font alors appel à celui qui a donné son nom à leur corps d’élite...