Une nation de plus en plus nombreuse de singes évolués, dirigée par César, est menacée par un groupe d’humains qui a survécu au virus dévastateur qui s'est répandu dix ans plus tôt. Ils parviennent à une trêve fragile, mais de courte durée : les deux camps sont sur le point de se livrer une guerre qui décidera de l’espèce dominante sur Terre.

La Terre est envahie. L’humanité est en danger. Nos corps restent les mêmes, mais nos esprits sont contrôlés. Melanie Stryder vient d’être capturée. Elle refuse cependant de laisser place à l’être qui tente de la posséder. Quelque part, caché dans le désert, se trouve un homme qu’elle ne peut pas oublier. L’amour pourra-t-il la sauver ?