Après avoir été trahie et décimée par une organisation terroriste, l’équipe des GI Joe réalise que le gouvernement a été infiltré et que notre monde est au bord de la destruction. Sans alliés, sans renforts et sans personne à qui se fier, Roadblock et ses GI doivent identifier l’ennemi pour tenter de sauver notre civilisation. Ils font alors appel à celui qui a donné son nom à leur corps d’élite...

Des montagnes de l'Asie centrale aux déserts d'Egypte, des rues de Paris au pôle Nord, les agents de l'équipe d'élite connue sous le nom de G.I. Joe mènent une lutte acharnée contre un ennemi redoutable. Disposant des toutes dernières technologies en matière de renseignement et de matériel militaire, ils combattent le puissant marchand d'armes Destro et la mystérieuse organisation terroriste...