Blu a pris son envol et se sent désormais chez lui à Rio de Janeiro, aux côtés de Perla et de leurs trois enfants. Mais la vie de perroquet ne s’apprend pas en ville et Perla insiste pour que la famille s’installe dans la forêt amazonienne alors qu'ils découvrent que d'autres aras bleus y vivent.

Hushpuppy, 6 ans, vit dans le bayou avec son père.Brusquement, la nature s'emballe, la température monte, les glaciers fondent, libérant une armée d'aurochs.Avec la montée des eaux, l'irruption des aurochs et la santé de son père qui décline, Hushpuppy décide de partir à la recherche de sa mère disparue.