Quand Thomas reprend connaissance, il est pris au piège avec un groupe d’autres garçons dans un labyrinthe géant dont le plan est modifié chaque nuit. Il n’a plus aucun souvenir du monde extérieur, à part d’étranges rêves à propos d’une mystérieuse organisation appelée W.C.K.D. En reliant certains fragments de son passé, avec des indices qu’il découvre au sein du labyrinthe, Thomas espère trouver...

Fin des années 80. Un père de famille est enlevé sans raison et séquestré dans une cellule. Il apprend par la télévision de sa cellule qu'il est accusé du meurtre de sa femme. Relâché 20 ans plus tard, il est contacté par celui qui l'avait enlevé...