Les Men In Black ont toujours protégé la Terre de la vermine de l’univers. Dans cette nouvelle aventure, ils s’attaquent à la menace la plus importante qu’ils aient rencontrée à ce jour : une taupe au sein de l’organisation Men In Black.

Maintenant que Dom et Letty sont en lune de miel, que Brian et Mia se sont rangés et que le reste de l’équipe a été disculpé, la bande de globetrotteurs retrouve un semblant de vie normale. Mais quand une mystérieuse femme entraîne Dom dans le monde de la criminalité, ce dernier ne pourra éviter de trahir ses proches qui vont faire face à des épreuves qu’ils n’avaient jamais rencontrées...

Dix ans après le meurtre de sa femme et sa fille, un homme se dresse contre le procureur en charge du procès des meurtriers, pour obtenir lui-même la justice. Sa vengeance menace tout aussi bien l'homme qui leur a accordé la clémence, que le système et la ville elle-même.