Quand Thomas reprend connaissance, il est pris au piège avec un groupe d’autres garçons dans un labyrinthe géant dont le plan est modifié chaque nuit. Il n’a plus aucun souvenir du monde extérieur, à part d’étranges rêves à propos d’une mystérieuse organisation appelée W.C.K.D. En reliant certains fragments de son passé, avec des indices qu’il découvre au sein du labyrinthe, Thomas espère trouver...

Le 4 novembre 1979, au summum de la révolution iranienne, des militants envahissent l’ambassade américaine de Téhéran, et prennent 52 Américains en otage. Mais au milieu du chaos, six Américains réussissent à s’échapper et à se réfugier au domicile de l’ambassadeur canadien. Sachant qu’ils seront inévitablement découverts et probablement tués, un spécialiste de ''l’exfiltration'' de la CIA du nom...