Il y a maintenant presque 20 ans, après l'annonce de l'assassinat de son père par un groupe terroriste, un jeune et brillant soldat se portait volontaire dans un programme expérimental des Forces Spéciales. Le but de l'opération était de lui permettre de venger son père et de défendre son pays, en augmentant au-delà de l'imaginable des capacités physiques et intellectuelles pourtant déjà impressionnantes. Tout ceci n'était qu'un mensonge. Assujetti à un entraînement barbare dont il ne se souvient pas, par des gens qu'il ne peut pas identifier, le jeune homme a été transformé en une arme à 100 millions de dollars nommée Jason Bourne, puis abandonné pour dysfonctionnement. C'était sans compter que cette arme, la plus offensive qui soit, manquerait de peu de percer à jour le but de l'opération, en cherchant à identifier les responsables de son amnésie. Jason Bourne voit alors sa vie menacée. C'est en assouvissant sa vengeance qu'il retrouve sa véritable identité, et déjoue ce qu'il croit, à l'époque, être le but de toute l'opération. C'est alors seulement qu'il trouve un semblant de paix, dont il profite et disparaît, pour ce qu'il croit être toujours. Mais il est arraché de sa retraite par l'activation d'un nouveau programme développé par une infrastructure globale en réseau, aussi rapide que flexible, beaucoup plus sophistiqué et pervers que tout ce que Jason avait pu affronter jusqu'à présent... et qui dépasse les prérogatives d'un simple gouvernement. Le but ultime de cette structure ramifiée est d'instrumentaliser la terreur, grâce à internet afin de fomenter des insurrections. Tandis que l'agence reste persuadée, qu'à condition qu'ils lui donnent ce qu'il veut Bourne, reviendra pour être reconditionné, l'arme la plus redoutable qu'ils aient jamais créée reste la seule à saisir ce qui persiste à leur échapper : même endommagés, les bons soldats continuent à défendre la veuve et l'opprimé des griffes d'un pouvoir abusif... surtout quand il est hors de contrôle.