Alors que la première moitié du XXIème siècle n'est pas encore écoulée, la Terre est déjà exsangue, voir condamnée aux yeux de ses habitants, qui considère la colonisation de Mars comme seule issue viable. Comme si cela ne suffisait pas, en 2047, une entité intelligente extra terrestre, qui a pris la forme d'un gros astéroïde, fait une entrée fracassante et dévaste la planète. L'humanité courbe l'échine mais ne plie pas. 3 ans après le début de l'invasion, les nations parviennent à mettre en place un immense écran protecteur qui empêche désormais les vaisseaux extra-terrestres de pénétrer dans l'atmosphère. Cependant, ce n'est qu'un répit et les hommes jouent leur survit quotidiennement dans les combats contre l'envahisseur. Le jeune Taishi Akejima a rejoint l'armée, non pas pour suivre les traces de son père, un des premiers pilotes spatiaux à avoir disparu, mais pour assurer un avenir à sa petite soeur, Koyomi. Grâce au poste de son frère, Koyomi a le droit de poursuivre ses études dans un établissement lié à l'armée et de connaître une existence moins dure que celle réservée aux simples civils. Avec 2 autres pilotes,Kaori Sagawa et Ken Tazaki, Taishi a suivi un entraînement intensif sur des mechas, des armures révolutionnaires au sein des forces japonaises, basées au Mont Fuji. La situation en Asie est critique avec l'anéantissement récent des forces russes en extrême orient et Yûra Yoshizawa, la commandante à la base du Mont Fuji, doit mener la contre attaque de la dernière chance pour abattre l'astéroïde extra terrestre. Taishi et ses camarades ont un rôle clef dans le plan et s'apprêtent à tout donner dans le combat qui approche. Avant cela, le jeune homme cherche à protéger sa soeur et l'inscrit pour le prochain départ pour Mars. Néanmoins, la collégienne ne l'entend pas de cette oreille et est bien décidée à rester près de sa seule famille.