À l'intérieur d'un tribunal, Zain, un garçon de 12 ans, est présenté devant le juge. À la question : " Pourquoi attaquez-vous vos parents en justice ? ", Zain lui répond : " Pour m'avoir donné la vie ! ". Capharnaüm retrace l'incroyable parcours de cet enfant en quête d'identité et qui se rebelle contre la vie qu'on cherche à lui imposer.

Marc est cascadeur équestre. Un grave accident sur un tournage lui faire perdre tout espoir de remonter un jour à cheval. Florence est chargée par la compagnie d'assurances de s'occuper du dossier de cet homme brisé. Cette brève rencontre va bouleverser leurs équilibres...

Lara, 15 ans, rêve de devenir danseuse étoile. Avec le soutien de son père, elle se lance à corps perdu dans cette quête d’absolu. Mais ce corps ne se plie pas si facilement à la discipline que lui impose Lara, car celle-ci est née garçon.

Le temps d’un diner, des couples d’amis décident de jouer à un « jeu » : chacun doit poser son téléphone portable au milieu de la table et chaque SMS, appel téléphonique, mail, message Facebook, etc. devra être partagé avec les autres. Il ne faudra pas attendre bien longtemps pour que ce « jeu » se transforme en cauchemar.

Olivier se démène au sein de son entreprise pour combattre les injustices. Mais du jour au lendemain quand Laura, sa femme, quitte le domicile, il lui faut concilier éducation des enfants, vie de famille et activité professionnelle. Face à ses nouvelles responsabilités, il bataille pour trouver un nouvel équilibre, car Laura ne revient pas.