Dans la banlieue de Boston, deux fillettes de 6 ans, Anna et Joy, ont disparu. Le détective Loki privilégie la thèse du kidnapping suite au témoignage de Keller, le père d’Anna. Le suspect numéro 1 est rapidement arrêté mais est relâché quelques jours plus tard faute de preuve, entrainant la fureur de Keller. Aveuglé par sa douleur, le père dévasté se lance alors dans une course contre la montre...

Dans ce nouveau volet, Batman augmente les mises dans sa guerre contre le crime. Avec l'appui du lieutenant de police Jim Gordon et du procureur de Gotham, Harvey Dent, Batman vise à éradiquer le crime organisé qui pullule dans la ville. Leur association est très efficace mais elle sera bientôt bouleversée par le chaos déclenché par un criminel extraordinaire que les citoyens de Gotham...