Avocat dans l'un des plus grands cabinets juridiques de New York, Michael Clayton arrange discrètement et par tous les moyens les affaires embarrassantes de ses clients. On lui confie le dossier douteux d'une puissante firme agrochimique. Lorsqu'il découvre que cette multinationale sans scrupules est prête à faire des millions de victimes pour s'enrichir, il ne peut plus échapper au choix qui...

Alors qu'il est sur la table d'opération, Clay, un riche héritier new-yorkais, revient à lui et prend conscience de sa situation. Mais paralysé et privé de ses sens, il ne peut faire appel au chirurgien. Malgré son état, il va découvrir qu'il est victime d'un complot remettant toute sa vie en question...

Los Angeles, 1928. Un matin, Christine dit au revoir à son fils Walter et part au travail. Quand elle rentre à la maison, celui-ci a disparu. Une recherche effrénée s'ensuit et, quelques mois plus tard, un garçon de neuf ans affirmant être Walter lui est restitué. Christine le ramène chez elle mais au fond d'elle, elle sait qu'il n'est pas son fils...