Un ouvrier au chômage découvre un groupe discret qui fabrique des lunettes noires. Intrigué, il en essaie une paire et découvre un monde effrayant : de nombreux humains sont en réalité des extraterrestres aux visages hideux et écorchés ; les panneaux publicitaires ordonnent la soumission dans des termes dignes de Big Brother. Avec un autre ouvrier, il affronte les envahisseurs. Mais quel jeu joue...

Deux ans se sont écoulés depuis que Sam Witwicky a sauvé l'univers d'une bataille décisive entre les deux clans rivaux de robots extraterrestres. Malgré ses exploits, Sam reste un adolescent préoccupé par les soucis des jeunes gens de son âge : alors qu'il s'apprête à entrer à l'université, il doit se séparer de sa petite amie Mikaela et de ses parents pour la première fois de sa vie. Il lui faut...