Dans ce volet final de la trilogie, César, à la tête des Singes, doit défendre les siens contre une armée humaine prônant leur destruction. L’issue du combat déterminera non seulement le destin de chaque espèce, mais aussi l’avenir de la planète.

Une nation de plus en plus nombreuse de singes évolués, dirigée par César, est menacée par un groupe d’humains qui a survécu au virus dévastateur qui s'est répandu dix ans plus tôt. Ils parviennent à une trêve fragile, mais de courte durée : les deux camps sont sur le point de se livrer une guerre qui décidera de l’espèce dominante sur Terre.