L'agence crypto-zoologique Monarch doit faire face à une vague de monstres titanesques, comme Godzilla, Mothra, Rodan et surtout le redoutable roi Ghidorah à trois têtes. Un combat sans précédent entre ces créatures considérées jusque-là comme chimériques menace d'éclater. Alors qu'elles cherchent toutes à dominer la planète, l'avenir même de l'humanité est en jeu…

Dans un futur proche, les hommes sont parvenus à prolonger et améliorer la vie de leurs semblables à l'aide d'organes artificiels extrêmement sophistiqués et coûteux, élaborés par une société connue sous le nom de L'Union. Le sombre pendant de cette percée scientifique : lorsque les ''greffés'' ne sont plus à même d'honorer les échéances de leur crédit, L'Union envoie alors ses agents...