Dans cet ultime volet, les X-MEN affrontent leur ennemi le plus puissant, Jean Grey, l’une des leurs.Au cours d'une mission de sauvetage dans l'espace, Jean Grey frôle la mort, frappée par une mystérieuse force cosmique. De retour sur Terre, cette force la rend non seulement infiniment plus puissante, mais aussi beaucoup plus instable. En lutte contre elle-même, Jean Grey déchaîne ses pouvoirs,...

Dans un futur proche, un certain Logan, épuisé de fatigue, s’occupe d’un Professeur X souffrant, dans un lieu gardé secret à la frontière Mexicaine. Mais les tentatives de Logan pour se retrancher du monde et rompre avec son passé vont s’épuiser lorsqu’une jeune mutante traquée par de sombres individus va se retrouver soudainement face à lui.

Depuis les origines de la civilisation, Apocalypse, le tout premier mutant, a absorbé de nombreux pouvoirs, devenant à la fois immortel et invincible, adoré comme un dieu. Se réveillant après un sommeil de plusieurs milliers d'années et désillusionné par le monde qu'il découvre, il réunit de puissants mutants dont Magneto pour nettoyer l'humanité et régner sur un nouvel ordre. Raven et Professeur...

Les X-Men envoient Wolverine dans le passé pour changer un événement historique majeur, qui pourrait impacter mondialement humains et mutants.