Les Men In Black ont toujours protégé la Terre de la vermine de l’univers. Dans cette nouvelle aventure, ils s’attaquent à la menace la plus importante qu’ils aient rencontrée à ce jour : une taupe au sein de l’organisation Men In Black.

En quinze ans de carrière chez les Men in Black, l’agent J a vu beaucoup de phénomènes inexplicables… Mais rien, pas même le plus étrange des aliens, ne le laisse aussi perplexe que son partenaire, le sarcastique K. Lorsque la vie de K et le destin de la Terre sont menacés, l’agent J décide de remonter le temps pour remettre les choses en ordre. Il va alors découvrir qu’il existe certains secrets...