En plein milieu de la nuit, une employée du FBI est enlevée chez elle... Guidés par un ancien prêtre pédophile aux étranges visions, les agents Whitney et Drummy enquêtent. Très vite, leur investigation s'enlise : les indices sont minces et le temps presse. L'agence gouvernementale décide alors de refaire appel à Mulder et Scully. Leur expérience sur ce genre d'affaires sensibles pourrait...

Deux ans se sont écoulés depuis que Sam Witwicky a sauvé l'univers d'une bataille décisive entre les deux clans rivaux de robots extraterrestres. Malgré ses exploits, Sam reste un adolescent préoccupé par les soucis des jeunes gens de son âge : alors qu'il s'apprête à entrer à l'université, il doit se séparer de sa petite amie Mikaela et de ses parents pour la première fois de sa vie. Il lui faut...