Vous pensiez connaître les Pingouins de Madagascar ? Pourtant, les quatre frères cachent un lourd secret. Ils sont en fait… agents secrets ! Pour sauver le monde du terrible Docteur Octavius, les pingouins devront s’associer à la très chic organisation de la North Wind menée par le superbe husky au nom classé secret.

Le rêve de Po s'est réalisé. Il est devenu le Guerrier Dragon, qui protège la Vallée de la Paix avec ses amis les Cinq Cyclones : Tigresse, Grue, Mante, Vipère et Singe. Mais cette vie topissime est menacée par un nouvel ennemi, décidé à conquérir la Chine et anéantir le kung-fu à l'aide d'une arme secrète et indestructible. Comment Po pourra-t-il triompher d'une arme plus forte que le kung-fu ?...

Le jour de son mariage, la jeune Susan Murphy reçoit sur la tête... une météorite qui la transforme en un monstre de plus de 20 mètres. L'armée entre promptement en action, neutralise la géante et l'incarcère dans une prison top secrète. Rebaptisée Génormica, Susan fait connaissance avec ses compagnons d'infortune : le brillant Dr Cafard, à tête d'insecte, l'hybride macho de singe et de poisson...