Après des années passées loin du monde des humains, les frères Tortues entreprennent de gagner le cœur des New-Yorkais et d'être acceptés comme des adolescents normaux grâce à des actes héroïques. Leur nouvelle amie April O'Neil les aide à s'attaquer à un mystérieux syndicat du crime mais ils se retrouvent dépassés par les événements lorsqu'une armée de mutants se déploie contre eux.

A partir de 3 ans Po avait toujours cru son père panda disparu, mais le voilà qui réapparaît ! Enfin réunis, père et fils vont voyager jusqu’au village secret des pandas. Ils y feront la connaissance de certains de leurs semblables, tous plus déjantés les uns que les autres. Mais lorsque le maléfique Kaï décide de s’attaquer aux plus grands maîtres du kung-fu à travers toute la Chine, Po va...