On croyait tout connaître de l'histoire de Jason Bourne et de son passé d’agent tueur malgré lui. Mais l’essentiel restait à découvrir. Le programme Treadstone dont Jason était le cobaye n’était que la partie émergée d’une conspiration plus ténébreuse, ourdie par d’autres branches du gouvernement et mettant en jeu d’autres agences de renseignement, d’autres programmes militaires, d’autres...

En quinze ans de carrière chez les Men in Black, l’agent J a vu beaucoup de phénomènes inexplicables… Mais rien, pas même le plus étrange des aliens, ne le laisse aussi perplexe que son partenaire, le sarcastique K. Lorsque la vie de K et le destin de la Terre sont menacés, l’agent J décide de remonter le temps pour remettre les choses en ordre. Il va alors découvrir qu’il existe certains secrets...