Après avoir été trahie et décimée par une organisation terroriste, l’équipe des GI Joe réalise que le gouvernement a été infiltré et que notre monde est au bord de la destruction. Sans alliés, sans renforts et sans personne à qui se fier, Roadblock et ses GI doivent identifier l’ennemi pour tenter de sauver notre civilisation. Ils font alors appel à celui qui a donné son nom à leur corps d’élite...

Nathan Harper a toujours éprouvé la désagréable impression de mener une vie qui n’est pas la sienne. Lorsqu’il tombe par hasard sur une photo de lui, enfant, sur un site de personnes disparues, ses peurs les plus sombres deviennent brusquement réalité. Ses parents ne sont pas les siens, sa vie n’est qu’un mensonge soigneusement fabriqué pour cacher une vérité aussi mystérieuse que dangereuse......