L'agence crypto-zoologique Monarch doit faire face à une vague de monstres titanesques, comme Godzilla, Mothra, Rodan et surtout le redoutable roi Ghidorah à trois têtes. Un combat sans précédent entre ces créatures considérées jusque-là comme chimériques menace d'éclater. Alors qu'elles cherchent toutes à dominer la planète, l'avenir même de l'humanité est en jeu…

Colter Stevens se réveille en sursaut dans un train à destination de Chicago. Amnésique, il n’a aucun souvenir d’être monté dedans. Pire encore, les passagers du train se comportent avec lui avec familiarité alors qu’il ne les a jamais vus. Désorienté, il cherche à comprendre ce qui se passe mais une bombe explose tuant tout le monde à bord. Colter se réveille alors dans un caisson étrange et...